43a91ba7-8025-4330-88db-db14022d729d eng; CAN utf8; utf8 dataset; jeuDonnées CESD Data Manager / DSEC Gestionnaire de données Government of Canada; Fisheries and Oceans Canada Gouvernement du Canada; Pêches et Océans Canada Bedford Institute of Oceanography, 1 Challenger Drive, PO Box 1006 L'institut océanographique de Bedford, C.P. 1006 Dartmouth Nova Scotia Nouvelle-Écosse B2Y 4A2 Canada Canada (le) DFO.CESDDataRequest-DSECDemandededonnes.MPO@dfo-mpo.gc.ca DFO.CESDDataRequest-DSECDemandededonnes.MPO@dfo-mpo.gc.ca https resourceProvider; fournisseurRessource 2025-04-16T10:56:21.227Z North American Profile of ISO 19115:2003 - Geographic information - Metadata Profil nord-américain de la norme ISO 19115:2003 - Information géographique - Métadonnées CAN/CGSB-171.100-2009 French; Français Canada; Canada utf8; utf8 EPSG:4326 https://epsg.io 8.2.6 eDNA metabarcoding enriches traditional trawl survey data for monitoring biodiversity in the marine environment Le métacodage à barres de l’ADNe enrichit les données des relevés au chalut traditionnels pour le suivi de la biodiversité dans l’environnement marin 2024-07-30 publication; publication 2024-05-29 creation; création Nick Jeffery Government of Canada; Fisheries and Oceans Canada Gouvernement du Canada; Pêches et Océans Canada Bedford Institute of Oceanography, 1 Challenger Drive, PO Box 1006 L'institut océanographique de Bedford, C.P. 1006 Dartmouth Nova Scotia Nouvelle-Écosse B2Y 4A2 Canada Canada (le) Nick.Jeffery@dfo-mpo.gc.ca Nick.Jeffery@dfo-mpo.gc.ca https principalInvestigator; chercheurPrincipal Marine Protected Areas require comprehensive monitoring to ensure objectives are achieved; however, monitoring natural ecosystems at scale is challenged by the biodiversity it aims to measure. Environmental DNA (eDNA) metabarcoding holds promise to address this monitoring challenge. We conducted paired sampling at 54 sites for fish and invertebrate assemblages in the Northwest Atlantic using groundfish trawls and eDNA metabarcoding of benthic seawater using four genetic markers (12S rRNA, 16S rRNA, 18S rRNA, and CO1). Compared to trawling, eDNA detected similar patterns of species turnover, larger estimates of gamma diversity, and smaller estimates of alpha diversity. A total of 63.6% (42/66) of fish species captured by trawling were detected by eDNA, along with an additional 26 species. Of the 24 missed detections by eDNA, 12 were inevitable as they lacked reference sequences. Excluding taxa assigned to higher than species level and those without a species name, 23.6% (17/72) of invertebrate species captured by trawling were detected by CO1, which detected an additional 98 species. We demonstrate that eDNA is capable of detecting patterns of community assemblage and species turnover in an offshore environment, emphasizing its strong potential for a non-invasive, comprehensive, and scalable tool for biodiversity monitoring supporting marine conservation programmes. Cite this data as: Jeffery, N., Rubidge, E., Abbott, C., Westfall, K., Stanley, R. (2024): Data of: eDNA metabarcoding enriches traditional trawl survey data for monitoring biodiversity in the marine environment. Published: August 2024. Coastal Ecosystems Science Division, Fisheries and Oceans Canada, Dartmouth, N.S. https://open.canada.ca/data/en/dataset/43a91ba7-8025-4330-88db-db14022d729d Les zones de protection marine doivent faire l’objet d’un suivi complet pour garantir la réalisation de leurs objectifs. Toutefois, le suivi des écosystèmes naturels à grande échelle est compliqué par la biodiversité qu’il vise à mesurer. Le métacodage à barres de l’ADN environnemental (ADNe) est une solution prometteuse pour relever ce défi de surveillance. Nous avons procédé à un échantillonnage jumelé sur 54 sites pour les assemblages de poissons et d’invertébrés dans l’Atlantique nord-ouest en utilisant des chaluts à poissons de fond et un métacodage à barres de l’ADNe de l’eau de mer benthique en utilisant quatre marqueurs génétiques (ARNr 12S, ARNr 16S, ARNr 18S, et CO1). Par rapport au chalutage, l’ADNe a permis de détecter des schémas similaires de renouvellement des espèces, des estimations plus importantes de la diversité gamma et des estimations plus faibles de la diversité alpha. Au total, 63,6 % (42/66) des espèces de poissons capturées par chalutage ont été détectées par l’ADNe, ainsi que 26 espèces supplémentaires. Sur les 24 détections manquées par l’ADNe, 12 étaient inévitables, car elles manquaient de séquences de référence. Si l’on exclut les taxons classés à un niveau supérieur à celui de l’espèce et ceux qui n’ont pas de nom d’espèce, 23,6 % (17/72) des espèces d’invertébrés capturées par le chalutage ont été détectées par CO1, qui a détecté 98 espèces supplémentaires. Nous démontrons que l’ADNe est capable de détecter des schémas d’assemblage de communautés et de renouvellement des espèces dans un environnement extracôtier en soulignant son fort potentiel en tant qu’outil non invasif, complet et évolutif pour la surveillance de la biodiversité qui soutient les programmes de conservation marine. Citer ces données comme suit: Jeffery, N., Rubidge, E., Abbott, C., Westfall, K., Stanley, R. (2024). Données de Le métacodage à barres de l’ADNe enrichit les données des relevés au chalut traditionnels pour le suivi de la biodiversité dans l’environnement marin. Date de publication Août 2024. Division de la science des écosystèmes côtiers, Pêches et Océans Canada, Dartmouth, (N-É). https://open.canada.ca/data/en/dataset/43a91ba7-8025-4330-88db-db14022d729d completed; complété notPlanned; nonPlanifié https://api-proxy.edh-cde.dfo-mpo.gc.ca/catalogue/records/43a91ba7-8025-4330-88db-db14022d729d/attachments/NJ_EDNA.PNG eDNA metabarcoding enriches traditional trawl survey data for monitoring biodiversity in the marine environment Le métacodage à barres de l’ADNe enrichit les données des relevés au chalut traditionnels pour le suivi de la biodiversité dans l’environnement marin eDNA ADNe theme; thème Oceans Océan theme; thème Government of Canada Core Subject Thesaurus Thésaurus des sujets de base du gouvernement du Canada 2004 publication; publication 2016-07-04 creation;création geonetwork.thesaurus.external.theme.GC_Core_Subject Government of Canada; Library and Archives Canada Gouvernement du Canada; Bibliothèque et Archives Canada custodian; conservateur Open Government Licence - Canada (http://open.canada.ca/en/open-government-licence-canada) Licence du gouvernement ouvert - Canada (http://ouvert.canada.ca/fr/licence-du-gouvernement-ouvert-canada) license; licence license; licence unclassified; nonClassifié vector; vecteur eng; CAN utf8; utf8 oceans biota 2020-07-01 2020-08-31 -67.474 -57.4588 41.4457 47.1772 ESRI REST 2.8.8 CSV N/A FGDB/GDB 2.8.8 Data Acquisition Assembly and Distribution / Acquisition, assemblage et distribution de donnée Government of Canada; Fisheries and Oceans Canada Gouvernement du Canada; Pêches et Océans Canada Bedford Institute of Oceanography, 1 Challenger Drive, PO Box 1006 L'institut océanographique de Bedford, C.P. 1006 Dartmouth Nova Scotia Nouvelle-Écosse B2Y 4A2 Canada Canada (le) DataServicesDonnees@dfo-mpo.gc.ca DataServicesDonnees@dfo-mpo.gc.ca https distributor; distributeur https://api-proxy.edh-cde.dfo-mpo.gc.ca/catalogue/records/43a91ba7-8025-4330-88db-db14022d729d/attachments/eDNA_Metabarcoding.gdb.zip HTTPS eDNA metabarcoding enriches traditional trawl survey data for monitoring biodiversity in the marine environment Le métacodage à barres de l’ADNe enrichit les données des relevés au chalut traditionnels pour le suivi de la biodiversité dans l’environnement marin Dataset;FGDB/GDB;eng,fra Données;FGDB/GDB;eng,fra https://api-proxy.edh-cde.dfo-mpo.gc.ca/catalogue/records/43a91ba7-8025-4330-88db-db14022d729d/attachments/EDNA_MetabarcodingDataDictionaryEnFr.csv HTTPS Data Dictionary Dictionnaire de données Supporting Document;CSV;eng,fra Document de soutien;CSV;eng,fra https://api-proxy.edh-cde.dfo-mpo.gc.ca/catalogue/records/43a91ba7-8025-4330-88db-db14022d729d/attachments/eDNA_MetabarcodingCSVfiles.zip HTTPS eDNA metabarcoding enriches traditional trawl survey data for monitoring biodiversity in the marine environment Le métacodage à barres de l’ADNe enrichit les données des relevés au chalut traditionnels pour le suivi de la biodiversité dans l’environnement marin Dataset;CSV;eng,fra Données;CSV;eng,fra https://egisp.dfo-mpo.gc.ca/arcgis/rest/services/open_data_donnees_ouvertes/edna_metabarcoding/MapServer ESRI REST: Map Service eDNA metabarcoding enriches traditional trawl survey data for monitoring biodiversity in the marine environment Le métacodage à barres de l’ADNe enrichit les données des relevés au chalut traditionnels pour le suivi de la biodiversité dans l’environnement marin Web Service;ESRI REST;eng Service Web;ESRI REST;eng https://egisp.dfo-mpo.gc.ca/arcgis/rest/services/open_data_donnees_ouvertes/edna_metabarcoding/MapServer ESRI REST: Map Service eDNA metabarcoding enriches traditional trawl survey data for monitoring biodiversity in the marine environment Le métacodage à barres de l’ADNe enrichit les données des relevés au chalut traditionnels pour le suivi de la biodiversité dans l’environnement marin Web Service;ESRI REST;fra Service Web;ESRI REST;fra https://doi.org/10.1093/icesjms/fsad083 HTTPS eDNA metabarcoding enriches traditional trawl survey data for monitoring biodiversity in the marine environment Le métacodage à barres de l’ADNe enrichit les données des relevés au chalut traditionnels pour le suivi de la biodiversité dans l’environnement marin Supporting Document;HTML;eng Document de soutien;HTML;eng https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/?term=PRJNA740347 HTTPS Biodiversity surveys in coastal and offshore marine environments Enquêtes sur la biodiversité dans les environnements marins côtiers et offshore Dataset;HTML;eng Données;HTML;eng