83113cc4-43e8-11f1-ae0a-ff739810e62a eng; CAN utf8; utf8 dataset; jeuDonnées François-Étienne Sylvain Government of Canada; Fisheries and Oceans Canada Gouvernement du Canada; Pêches et Océans Canada Aquatic Science Biologist Biologiste en sciences aquatiques 506-378-0474 506-378-0474 343 Université Ave 343 Université Ave Moncton New Brunswick Nouveau-Brunswick E1C 5K4 Canada Canada (le) DFO.GLFCSA-CASGLF.MPO@dfo-mpo.gc.ca DFO.GLFCSA-CASGLF.MPO@dfo-mpo.gc.ca pointOfContact; contact 2026-05-12T19:35:44.24488Z North American Profile of ISO 19115:2003 - Geographic information - Metadata Profil nord-américain de la norme ISO 19115:2003 - Information géographique - Métadonnées CAN/CGSB-171.100-2009 French; Français utf8; utf8 EPSG:4326 http://www.epsg-registry.org Integrating Gut Microbiota and Population Genomics in White Hake (Urophycis tenuis): Supporting Data Intégration du microbiote intestinal et de la génomique des populations chez la merluche blanche (Urophycis tenuis) : données à l’appui 2022 creation; création 2026-05-04 publication; publication François-Étienne Sylvain Government of Canada; Fisheries and Oceans Canada Gouvernement du Canada; Pêches et Océans Canada Aquatic Science Biologist Biologiste en sciences aquatiques 506-378-0474 506-378-0474 343 Université Ave 343 Université Ave Moncton New Brunswick Nouveau-Brunswick E1C 5K4 Canada Canada (le) DFO.GLFCSA-CASGLF.MPO@dfo-mpo.gc.ca DFO.GLFCSA-CASGLF.MPO@dfo-mpo.gc.ca custodian; conservateur PURPOSE: The purpose of this work was to determine (1) how the population genomic structure relates to gut microbiota composition of White Hake (Urophycis tenuis), and (2) whether microbiota community variation provides complementary insights into population structure of this species in eastern Canada. DESCRIPTION: Integrating host-associated microbiota with genomic approaches offers an opportunity to better understand the multiple biological dimensions shaping population structure in marine fishes. A clear understanding of population structure and dynamics is essential for informed fisheries management and conservation decisions; however, while genomic approaches have greatly improved our ability to delineate biological populations, they provide only a partial representation of biological structure, as patterns of differentiation reflect both historical divergence and contemporary ecological conditions. Host-associated microbiota can influence population-level ecological processes by contributing functional, potentially heritable variation that shapes host phenotype and fitness. In this study, we combined genotyping-by-sequencing with 16S rRNA gene amplicon sequencing to examine how population genomic structure relates to gut microbiota composition and to evaluate whether microbiota community variation provides complementary insights into population structure in White Hake (Urophycis tenuis) in eastern Canada. Genomic analyses identified two populations with greater spatial overlap than previously reported. Variation partitioning revealed that host genetics explained a negligible proportion of microbiota variation compared to environmental factors and fish length, suggesting that ontogenetic shifts in habitat use and resource acquisition influence gut microbiota composition. Several taxa were differentially abundant among fish length categories used as a proxy for diet, including taxa with chitin-degrading potential such as Photobacterium and Lachnospirales, which were enriched in smaller fish known to consume a crustacean-dominated diet. Together, these results indicate that gut microbiota composition in White Hake primarily reflects ecological and life-history processes rather than host population structure. PARAMETERS COLLECTED: Environmental parameters were also collected at most sampling sites, including depth, water temperature, oxygen and salinity levels. PHYSICAL SAMPLE DETAILS: Fin samples were collected to characterize the fish genotypes. Intestine (rectum) samples were collected to study fish gut microbiome. SAMPLING METHODS: In 2022 and 2023, White Hake were sampled during Fisheries and Oceans Canada (DFO) annual bottom trawl ecosystem monitoring surveys. USE LIMITATION: To ensure scientific integrity and appropriate use of the data, we would encourage you to contact the data custodian. OBJECTIF : Le but de ce travail était de déterminer (1) comment la génétique des populations est liée à la composition du microbiote intestinal de la merluche blanche (Urophycis tenuis), et (2) si la variation de la communauté microbienne fournit des informations complémentaires sur la structure de la population de cette espèce dans l'est du Canada. DESCRIPTION : L’intégration du microbiote associé à l’hôte aux approches génomiques offre un cadre prometteur pour mieux comprendre les multiples dimensions biologiques qui façonnent la structure des populations chez les poissons marins. Une compréhension claire de la structure et de la dynamique des populations biologiques est essentielle pour des décisions éclairées en matière de gestion des pêches et de conservation ; toutefois, bien que les approches génomiques aient considérablement amélioré notre capacité à délimiter les populations biologiques, elles n’offrent qu’une représentation partielle de la structure biologique, car les patrons de différenciation reflètent à la fois la divergence historique et les conditions écologiques contemporaines. Le microbiote associé à l’hôte peut influencer les processus écologiques à l’échelle des populations en apportant une variation fonctionnelle et potentiellement héréditaire qui façonne le phénotype et le fitness de l’hôte. Dans cette étude, nous avons combiné le génotypage par séquençage et le séquençage des amplicons du gène de l’ARNr 16S afin d’examiner comment la structure génétique des populations est liée à la composition du microbiote intestinal et d’évaluer si la variation des communautés microbiennes fournit des informations complémentaires sur la structure des populations chez la merluche blanche (Urophycis tenuis) dans l’est du Canada. Les analyses génomiques ont permis d’identifier deux populations présentant un chevauchement spatial plus important que celui rapporté précédemment. La partition de la variation a révélé que la génétique de l’hôte expliquait une fraction négligeable de la variation du microbiote comparativement aux facteurs environnementaux et à la taille des poissons, ce qui suggère une influence des changements ontogénétiques dans l’utilisation de l’habitat et des ressources sur la composition du microbiote intestinal. Plusieurs taxons présentaient une abondance différentielle entre les catégories de taille des poissons, utilisées comme indicateur du régime alimentaire, notamment des taxons ayant un potentiel de dégradation de la chitine, tels que Photobacterium et Lachnospirales, lesquels étaient enrichis chez les individus de plus petite taille, connus pour consommer un régime dominé par les crustacés. Ensemble, ces résultats indiquent que la composition du microbiote intestinal chez la merluche blanche reflète principalement des processus écologiques et d’histoire de vie plutôt que la structure génétique des populations de l’hôte. PARAMÈTRES COLLECTÉS : Des paramètres environnementaux ont également été collectés à la plupart des sites d'échantillonnage, y compris la profondeur, température de l'eau, le niveau d'oxygène et la salinité. DÉTAILS DE L'ÉCHANTILLON PHYSIQUE : Des échantillons de nageoires ont été collectés pour caractériser les génotypes des poissons. Des échantillons d'intestin (rectum) ont été collectés pour étudier le microbiome intestinal des poissons. MÉTHODES D'ÉCHANTILLONNAGE : En 2022 et 2023, les merluches blanches ont été échantillonnées lors des relevés annuels écosystémiques au chalut de fond du ministère des Pêches et des Océans Canada (MPO). LIMITATION DE L'UTILISATION : Pour assurer l'intégrité scientifique et l'utilisation appropriée des données, nous vous encourageons à contacter le gardien des données. The purpose of this work was to determine (1) how the population genomic structure relates to gut microbiota composition of White Hake (Urophycis tenuis), and (2) whether microbiota community variation provides complementary insights into population structure of this species in eastern Canada. Le but de ce travail était de déterminer (1) comment la génétique des populations est liée à la composition du microbiote intestinal de la merluche blanche (Urophycis tenuis), et (2) si la variation de la communauté microbienne fournit des informations complémentaires sur la structure de la population de cette espèce dans l'est du Canada. completed; complété notPlanned; nonPlanifié https://api-proxy.edh-cde.dfo-mpo.gc.ca/catalogue/records/83113cc4-43e8-11f1-ae0a-ff739810e62a/attachments/Urophycis_tenuis.jpg White hake Merluche blanche North Atlantic Ocean Océan Atlantique Nord Gulf of St. Lawrence Golfe du Saint-Laurent Scotian Shelf Plateau Scotian place; endroit DFO Areas Zones du MPO 2009-01-06 revision; révision 2009 publication; publication 2009 creation;création Doug Gregory Government of Canada; Fisheries and Oceans Canada Gouvernement du Canada; Pêches et Océans Canada http://www.dfo-mpo.gc.ca/oceans/maps-cartes/bioregions-eng.html WWW:LINK-1.0-http--link originator; créateur Marine biology Biologie marine Biological diversity Diversité biologique Oceans Océan Fish Poisson Microbiology Microbiologie Genetics Génétique theme; thème Government of Canada Core Subject Thesaurus Thésaurus des sujets de base du gouvernement du Canada 2004 publication; publication 2016-07-04 creation;création geonetwork.thesaurus.external.theme.GC_Core_Subject Government of Canada; Library and Archives Canada Gouvernement du Canada; Bibliothèque et Archives Canada custodian; conservateur Urophycis tenuis Urophycis tenuis theme; thème Integrated Taxonomic Information System (ITIS) Système d'information taxonomique intégré (SITI) 2017 revision; révision 2017 publication; publication 2017 creation;création Integrated Taxonomic Information System (ITIS) Système d'information taxonomique intégré (SITI) https://www.itis.gov WWW:LINK-1.0-http--link Owner Open Government Licence - Canada (http://open.canada.ca/en/open-government-licence-canada) Licence du gouvernement ouvert - Canada (http://ouvert.canada.ca/fr/licence-du-gouvernement-ouvert-canada) license; licence license; licence To ensure scientific integrity and appropriate use of the data, we would encourage you to contact the data custodian. Pour assurer l'intégrité scientifique et l'utilisation appropriée des données, nous vous encourageons à contacter le gardien des données. None Aucun unclassified; nonClassifié textTable; texteTable eng; CAN utf8; utf8 biota environment oceans 2022 2026 The samples for this project were collected in Atlantic Canada, around New Brunswick, Prince-Edward-Island, Quebec, Nova Scotia and Newfoundland Les échantillons pour ce projet ont été collectés dans le Canada Atlantique, autour du Nouveau-Brunswick, de l'Île-du-Prince-Édouard, du Québec, de la Nouvelle-Écosse et de Terre-Neuve -65.86171667 -55.47428333 44.39456667 49.0863 CSV n/a ESRI REST n/a François-Étienne Sylvain Government of Canada; Fisheries and Oceans Canada Gouvernement du Canada; Pêches et Océans Canada Aquatic Science Biologist Biologiste en sciences aquatiques 506-378-0474 506-378-0474 343 Université Ave 343 Université Ave Moncton New Brunswick Nouveau-Brunswick E1C 5K4 Canada Canada (le) DFO.GLFCSA-CASGLF.MPO@dfo-mpo.gc.ca DFO.GLFCSA-CASGLF.MPO@dfo-mpo.gc.ca pointOfContact; contact https://api-proxy.edh-cde.dfo-mpo.gc.ca/catalogue/records/83113cc4-43e8-11f1-ae0a-ff739810e62a/attachments/asv_table.csv HTTPS ASV Table (abundance table of the bacterial taxa in number of reads per White Hake gut microbiota sample) Table d'ASV (abondance des taxons bactériens en nombre de lectures par échantillon de microbiote intestinal de merluche blanche) Dataset;CSV;eng,fra Données;CSV;eng,fra https://api-proxy.edh-cde.dfo-mpo.gc.ca/catalogue/records/83113cc4-43e8-11f1-ae0a-ff739810e62a/attachments/data_dictionnary.xlsx HTTPS Data Dictionary Dictionnaire de données Supporting Document;CSV;eng,fra Document de soutien;CSV;eng,fra https://api-proxy.edh-cde.dfo-mpo.gc.ca/catalogue/records/83113cc4-43e8-11f1-ae0a-ff739810e62a/attachments/metadata.csv HTTPS Metadata, including environmental parameters for each sampling site and the biological measurements on each White Hake specimen Métadonnées, comprenant les paramètres environnementaux de chaque site d’échantillonnage ainsi que les mesures biologiques de chaque spécimen de merluche blanche Dataset;CSV;eng,fra Données;CSV;eng,fra https://api-proxy.edh-cde.dfo-mpo.gc.ca/catalogue/records/83113cc4-43e8-11f1-ae0a-ff739810e62a/attachments/taxonomy_table.csv HTTPS Taxonomy Table (taxonomical rank of each bacterial taxa included in the ASV Table dataset) Table de taxonomie (rang taxonomique de chaque taxon bactérien inclus dans le jeu de données de la table ASV ) Dataset;CSV;eng,fra Données;CSV;eng,fra https://api-proxy.edh-cde.dfo-mpo.gc.ca/catalogue/records/83113cc4-43e8-11f1-ae0a-ff739810e62a/attachments/Filtered%20SNP%20White%20Hake.zip HTTPS Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Data Used to Genotype White Hake (VCF file) Données de polymorphismes nucléotidiques simples (SNP) utilisées pour génotyper la merluche blanche (Fichier VCF) Dataset;ZIP;eng Données;ZIP;eng https://egisp.dfo-mpo.gc.ca/arcgis/rest/services/open_data_donnees_ouvertes/white_hake_sampling_sites_with_environmental_parameters_and_biological_measurements/MapServer ESRI REST: Map Service White Hake Sampling Sites with Environmental Parameters and Biological Measurements Sites d’échantillonnage de la merluche blanche avec paramètres environnementaux et mesures biologiques Web Service;ESRI REST;eng Service Web;ESRI REST;eng https://egisp.dfo-mpo.gc.ca/arcgis/rest/services/open_data_donnees_ouvertes/white_hake_sampling_sites_with_environmental_parameters_and_biological_measurements/MapServer ESRI REST: Map Service White Hake Sampling Sites with Environmental Parameters and Biological Measurements Sites d’échantillonnage de la merluche blanche avec paramètres environnementaux et mesures biologiques Web Service;ESRI REST;fra Service Web;ESRI REST;fra