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            <gco:CharacterString>To ensure informed decision-making, management, and conservation of marine ecosystems along the British Columbia (BC) coastline, a comprehensive understanding of marine communities and habitats is necessary. Marine planning initiatives, including environmental incident response planning and the development of a marine protected area network, have long been challenged by significant gaps in our knowledge of the distribution of many nearshore marine species. This lack of critical information can impede our ability to effectively manage and protect vulnerable species and ecosystems.   

We developed a set of species distribution models (single-SDMs) using data collected from the benthic habitat mapping survey. These models correlate species occurrence data with environmental variables. We used these models to make predictions of the probability of occurrence of each species across the entire BC coast. A cluster analysis of the single-SDM predictions was then used to determine biotopes, which are distinct combinations of physical and chemical water properties and associated biological communities.   

We defined and mapped the spatial distribution and probability of nine nearshore macrofauna epibenthic biotopes along with three physiotopes based on environmental conditions. The definition of the biotopes includes correlated species, the type of substrate, and range of environmental conditions (slope, depth, current, temperature, salinity, and tidal current) occurring within each biotope. The biotopes defined here are a first, but important, step in quantitative bioregionalization for the Pacific region as the resolution of nearshore marine community information has been lacking in BC and has hindered marine spatial initiatives.  

This dataset contains 71 of the 72 single-SDMs (which excludes Northern abalone, an endangered species), the spatial distribution of 9 biotopes and 3 physiotopes, and the species richness calculated as the sum of occurrence probabilities across all 72 species.</gco:CharacterString>
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                  <gmd:LocalisedCharacterString locale="#fra">Pour assurer la prise de décisions éclairées, la gestion et la conservation des écosystèmes marins le long de la côte de la Colombie-Britannique, une compréhension approfondie des communautés et des habitats marins est nécessaire. Les initiatives de planification marine, y compris la planification des interventions en cas d'incident environnemental et le développement d'un réseau d'aires marines protégées, sont depuis longtemps contestées par d'importantes lacunes dans nos connaissances sur la répartition de nombreuses espèces marines côtières. Ce manque d'information essentielle peut nuire à notre capacité de gérer et de protéger efficacement les espèces et les écosystèmes vulnérables. 

Nous avons élaboré un ensemble de modèles de répartition des espèces (SMD unique) à partir des données recueillies dans le cadre du relevé cartographique de l'habitat benthique. Ces modèles établissent une corrélation entre les données sur l'occurrence des espèces et les variables environnementales. Nous avons utilisé ces modèles pour prédire la probabilité d'occurrence de chaque espèce sur toute la côte de la Colombie-Britannique. Une analyse en grappes des prédictions mono-SDM a ensuite été utilisée pour déterminer les biotopes, qui sont des combinaisons distinctes de propriétés physiques et chimiques de l'eau et de communautés biologiques associées. 

Nous avons défini et cartographié la distribution spatiale et la probabilité de neuf biotopes épibenthiques de la macrofaune côtière ainsi que de trois physiotopes en fonction des conditions environnementales. La définition des biotopes comprend les espèces corrélées, le type de substrat et la gamme des conditions environnementales (pente, profondeur, courant, température, salinité et courant de marée) qui se produisent dans chaque biotope. Les biotopes définis ici constituent une première étape, mais importante, de la biorégionalisation quantitative pour la région du Pacifique, car la résolution des données sur les communautés marines littorales fait défaut en Colombie-Britannique et a entravé les initiatives spatiales marines. 

Cet ensemble de données contient 71 des 72 SMD simples (ce qui exclut l'ormeau nordique, une espèce en voie de disparition), la distribution spatiale de 9 biotopes et de 3 physiotopes, et la richesse en espèces calculée comme la somme des probabilités d'occurrence pour les 72 espèces.</gmd:LocalisedCharacterString>
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            <gco:CharacterString>DIVE SURVEY DATA COLLECTION

Data were collected from SCUBA-based research surveys that were used to assess the presence or absence of 103 benthic invertebrates and 59 algae species or species groups, conducted during the spring to early fall (April–October) from 2013 to 2023; no surveys were conducted in 2016 and 2020. This dataset spans the BC coastline and includes both species presence and absence data, collected along randomly placed transects. 

ANALYSIS

In the first phase of the analysis the distribution of benthic nearshore species was estimated using geostatistical models fit with the sdmTMB R package (Anderson et al., 2022). sdmTMB fits single species spatial generalized linear mixed effects models (GLMM). We excluded species with prevalence less than 0.5% and species we deemed too generic to be used in analysis (e.g. ‘other barnacles’), resulting in 127 species included in the sdmTMB analysis. 

Quadrats were excluded from the analysis if they lacked recorded observations of depth or substrate. Transect or quadrats falling outside of the spatial extent of environmental covariates data layers were also excluded. The final dataset used for analysis consisted of 17,452 quadrats. 

Modelled environmental covariate layers included in analysis were substrate type (classified as rock, mixed, sand, or mud), seafloor depth, slope, relative exposure index (REI), relative tidal current index, mean summer bottom temperature, and mean summer bottom salinity. Substrate, slope, and depth data used in the model fitting were derived from direct observations during the dive surveys. The other environmental covariates (REI, salinity, temperature, tidal current) were matched from spatial layers to each quadrat by extracting values from the grid cell of the predicted raster layer overlapping the midpoint of the transect. The spatial layers used to generate SDM predictions are listed in the Data Source section of the metadata, and more information on the single SDM analysis method is available in the CSAS Research Document (in press.) 

To define biotopes through cluster analysis, we determined the number of clusters (9) and the clustering method (k-means) that provided the most ecologically meaningful and statistically robust results. Due to computational constraints, clustering on the entire prediction grid was not feasible. Instead, we generated a Euclidean distance matrix using the distances R package and used it to assign cluster labels to the remaining coastal cells based on clustering results derived from a subset of the data (Miller et al., 2019). 

RESULTING DATASET

72 Single-SDMs (but only 71 available): 
The 127 single species SDMs were evaluated though spatial block cross validation and only those that converged and were well-preforming (AUC &gt; 0.7) were retained for the cluster analysis, which amounted to 72 single species SDMs. In order to accommodate SARA regulations the abalone SDM has been removed from the public version of this dataset.

Biotope/Physiotope Assignment: 
Nine biotope clusters were identified across the coast with an assemblage of species correlated with each. These clusters are SRE (shallow, rock, exposed); MRE (mid-depth, rock, exposed); SRMM (shallow, rock and mixed, moderately sheltered); MRS (mid-depth, rock, sheltered); DRM (deep, rock, moderately exposed); SRSM (shallow, rock and sand, moderately sheltered); MSS (mid-depth, sand, sheltered); MSM (mid-depth, sand, moderately sheltered); and DSM (deep, sand, moderately sheltered).   

There were several areas that were excluded from our model predictions because their environmental characteristics were not represented adequately in our BHM survey data. Nevertheless, these areas, which we call Physiotopes, can be defined by their environmental covariates. Areas with high freshwater input (index value &gt;0.0008) were rarely sampled during the Benthic Habitat Mapping (BHM) survey due to poor visibility caused by the freshwater lens and increased turbidity. This physiotope is labeled as FW. Similarly, areas that were excluded from the predictions due to very high exposure, and for which we have no data because they are inaccessible to divers, were mapped as a distinct physiotope here. This physiotope is labelled H-REI. In addition to physiotopes added from excluded areas, we define an additional physiotope for sandy exposed beaches (SEB). The SEB physiotope replaced the assigned biotope where ShoreZone identified intertidal sandy, &gt; 30 m wide, exposed beaches. 

Species Richness: 
Predicted species richness in a given location was calculated as the sum of occurrence probabilities across all 72 species. This provides a predicted number of species that would be expected to be found in a 5 x 1 m quadrat, on average. It accounts for the fact that predicted occurrence values range from 0 to 1, and so individual species would only contribute partial species to the species richness estimate.  </gco:CharacterString>
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Les données ont été recueillies à partir de relevés de recherche menés par Scuba et utilisés pour évaluer la présence ou l'absence de 103 invertébrés benthiques et de 59 espèces ou groupes d'espèces d'algues, effectués du printemps au début de l'automne (avril-octobre) de 2013 à 2023; aucun relevé n'a été effectué en 2016 et 2020. Cet ensemble de données couvre le littoral de la Colombie-Britannique et comprend des données sur la présence et l'absence d'espèces, recueillies le long de transects placés au hasard. 

ANALYSE

Au cours de la première phase de l'analyse, la distribution des espèces benthiques près du littoral a été estimée à l'aide de modèles géostatiques adaptés au paquet SdMTMB R (Anderson et al., 2022). Le sdMTMB correspond aux modèles à effets mixtes linéaires généralisés spatiaux (GLMM) d'une seule espèce. Nous avons exclu les espèces dont la prévalence est inférieure à 0,5% et les espèces que nous jugeons trop génériques pour être utilisées dans l'analyse (p. ex. les «autres balanacles»), ce qui a donné lieu à 127 espèces incluses dans l'analyse du sdMTMB. 

Les quadrats ont été exclus de l'analyse s'ils n'avaient pas d'observations enregistrées de profondeur ou de substrat. Les transects ou les quadrats ne faisant pas partie de l'étendue spatiale des couches de données des covariables environnementales ont également été exclus. L'ensemble de données final utilisé pour l'analyse comprenait 17 452 quadrats. 

Les couches de covariables environnementales modélisées incluses dans l'analyse étaient le type de substrat (classé comme roche, mixte, sable ou boue), la profondeur du fond marin, la pente, l'indice d'exposition relative (REI), l'indice de courant de marée relatif, la température moyenne estivale du fond et la salinité moyenne estivale du fond. Les données sur le substrat, la pente et la profondeur utilisées pour l'ajustement du modèle ont été obtenues à partir d'observations directes au cours des relevés de plongée. Les autres covariables environnementales (REI, salinité, température, courant de marée) ont été mises en correspondance entre les couches spatiales et chaque quadrat en extrayant les valeurs de la cellule de la grille de la couche raster prévue chevauchant le point médian du transect. Les couches spatiales utilisées pour générer des prédictions SDM sont répertoriées dans la section Source de données des métadonnées, et de plus amples informations sur la méthode d'analyse SDM unique sont disponibles dans le document de recherche du SCAS (sous presse). 

Pour définir les biotopes au moyen de l'analyse en grappes, nous avons déterminé le nombre de grappes (9) et la méthode de regroupement (moyenne k) qui ont fourni les résultats les plus significatifs sur le plan écologique et statistiquement robustes. En raison de contraintes de calcul, le regroupement sur l'ensemble de la grille de prévision n'était pas réalisable. Au lieu de cela, nous avons généré une matrice de distance euclidienne à l'aide du package distances R et l'avons utilisée pour attribuer des étiquettes de grappes aux cellules côtières restantes en fonction des résultats de regroupement dérivés d'un sous-ensemble de données (Miller et al., 2019). 

ENSEMBLE DE DONNÉES RÉSULTANT

72 SDM simples (mais seulement 71 disponibles): 
Les 127 SDM d'une seule espèce ont été évaluées par validation croisée spatiale par blocs et seules celles qui convergeaient et étaient bien préformées (ASC &gt; 0,7) ont été retenues pour l'analyse en grappes, ce qui correspond à 72 SDM d'une seule espèce. Afin de tenir compte de la réglementation de la LEP, le SDM sur l'ormeau a été retiré de la version publique de cet ensemble de données.

Attribution des biotopes/physiotopes: 
Neuf grappes de biotopes ont été identifiées sur l'ensemble de la côte et un assemblage d'espèces est corrélé à chacune d'elles. Ces groupes sont les suivants: SRE (peu profond, rocheux, exposé); MRE (moyenne profondeur, roche, exposée); SRMM (peu profond, rocheux et mixte, moyennement abrité); MRS (profondeur moyenne, roche, abrité); DRM (profond, rocheux, moyennement exposé); SRSM (peu profond, rocheux et sablonneux, modérément abrité); MSM (milieu de profondeur, sable, abrité); MSP M (profondeur moyenne, sable, moyennement abrité); et DSM (profond, sable, moyennement abrité). 

Plusieurs secteurs ont été exclus de nos prévisions modélisées parce que leurs caractéristiques environnementales n'étaient pas représentées adéquatement dans les données de notre enquête BHM. Néanmoins, ces zones, que nous appelons Physiotopes, peuvent être définies par leurs covariables environnementales. Les zones où l'apport en eau douce est élevé (valeur d'indice &gt; 0,0008) ont rarement été échantillonnées pendant le relevé de la cartographie de l'habitat benthique (BHM) en raison de la faible visibilité causée par la lentille d'eau douce et de l'augmentation de la turbidité. Ce physiotope est étiqueté FW. De même, les zones qui ont été exclues des prévisions en raison d'une exposition très élevée, et pour lesquelles nous ne disposons pas de données parce qu'elles sont inaccessibles aux plongeurs, ont été cartographiées en tant que physiotope distinct ici. Ce physiotope est étiqueté H-REI. En plus des physiotopes ajoutés à partir de zones exclues, nous définissons un physiotope supplémentaire pour les plages sablonneuses exposées (SEB). Le physiotope SEB a remplacé le biotope assigné où ShoreZone a identifié des plages sablonneuses intertidales de plus de 30 m de large exposées. 

Richesse en espèces: 
La richesse prévue en espèces dans un emplacement donné a été calculée comme la somme des probabilités d'occurrence pour les 72 espèces. Cela donne un nombre prévu d'espèces qui devraient être trouvées dans un quadrat de 5 x 1 m, en moyenne. Il tient compte du fait que les valeurs d'occurrence prévues vont de 0 à 1, de sorte que les espèces individuelles ne contribueraient que partiellement à l'estimation de la richesse en espèces.</gmd:LocalisedCharacterString>
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