Bedömningsområden har tagits fram på olika nivåer; kustvattentyper, utsjövatten, bassänger, grupper av bassänger och förvaltningsområde för att kunna rapportera olika delar på olika geografisk skala. Grunden för indelningen är de 12 bassängerna (tre i delregion Nordsjön och 9 i region Östersjön). Indelningen i havsbassänger bygger på den indelning som gjorts i Svenskt havsområdesregister som är en del av Svenskt Vattenarkiv (SVAR). Dessa bassänger är vid behov indelade i kustvatten respektive utsjövatten. Utsjövattnen följer alltid indelningen i bassänger och definieras av kustvattnets avgränsningslinjer och den yttre avgränsningslinjen för svensk ekonomisk zon och följer indelning i havsbassänger. Kustvattnen är indelade i kustvattentyper och följer indelningen av kustvatten enligt Havs- och vattenmyndighetens föreskrifter om kartläggning och analys av ytvatten HVMFS 2017:20 enligt förordningen 2004:660

om förvaltningen av kvaliteten på vattenmiljön. I vissa fall används grupper av bassänger som bedömningsområde. Bassänggrupper har definierats som flera bassänger inom ett större havsområde. Inom svenskt havsområde finns tre bassänggrupper, en i Nordsjön och två i Östersjön. Alla dessa bedömningsområden, utom grupper av bassänger, finns på kartor i bilaga 1 i Havs- och vattenmyndighetens föreskrifter om vad som kännetecknar god miljöstatus samt miljökvalitetsnormer med indikatorer för Nordsjön och Östersjön