Habitatdirektivet (direktiv 92/43/EEG) tillkom 1992. Det behandlar naturtyper samt andra artgrupper än fåglar. Begreppet habitat används mycket brett och innefattar såväl geologiska formationer som biotoper och växtsamhällen. Artgrupperna i direktivet är däggdjur, däribland varg, vissa säl- och fladdermusarter, groddjur som klockgroda, fiskar som lax och stensimpa, mollusker som flodpärlmussla, kärlväxter som till exempel guckusko och mossor som hårklomossa. Lavar, svampar och alger ingår inte i direktivet. Totalt listas över 170 naturtyper i bilaga 1 till habitatdirektivet, varav 88 finns i Sverige. Varje medlemsland ska dels föreslå områden av gemenskapsintresse med dels berörda naturtyper (bilaga 1), dels arter som nämns (bilaga 2) och dels se till att nödvändiga åtgärder vidtas i områdena för att bevara arternas livsmiljöer så att de kan fortleva i livskraftiga bestånd och att naturtyperna bevaras långsiktigt. För både habitat- och fågeldirektivets områden gäller att medlemslandet ska se till att Natura 2000-områdena får den skötsel de behöver samt övervaka att deras naturvärden bevaras så att tillståndet för berörda naturtyper och arter förblir gynnsamt. De olika naturtyperna i direktivet definieras i EU-kommissionens tolkningsmanual (Interpretation Manual). Utifrån den har Naturvårdsverket tagit fram boken Svenska naturtyper.